Sejarah singkat Stasiun Geofisika Kelas I Winangun Manado selanjutnya disebut Stasiun Geofisika Manado disusun dalam tahapan sejak dibangunnya adalah sebagai berikut :

  1. Periode 1973-1976, Stasiun Geofisika Manado dibangun diatas tanah milik Negara cq. BMKG pada tahun 1973, 2.400 m2 di Kelurahan Winangun Lingkungan III Manado. Pada tahun periode tahun 1974-1975 dibangun sarana dan prasarana berupa gedung kantor pertama. Pemimpin Stasiun yang menjabat sesuai dengan SPPT (Surat Perintah Pelaksana Tugas) adalah Bapak Jamhuri selaku pelaksana tugas (1973-1976)
  2. Periode 1976-1988, tahun 1976 Stasiun Geofisika Manado menjadi kelas 2 yang dikepalai oleh Bapak Justinus Sutiyanto.Tahun 1979/1980 mendapat tambahan tanah seluas 2400 m2 dan rumah dinas type D.50 1 (satu) unit.Tahun 1981/1982 melalui DIP mendapat tanah seluas 270 m2 dan 1 (satu) unit rumah dinas type 50.Terhitung mulai tanggal 13 Januari 1983 Stasiun Geofisika Manado dinaikan statusnya menjadi Stasiun Geofisika Kelas I ‘Winangun” Manado. Sesuai Surat Keputusan Menteri Perhubungan RI Nomor : KM.45/MG.004/Phb-83 tanggal 13 Januari 1983.  TA. 1983/1984 Stasiun Geofisika Manado mendapatkan tambahan gedung kantor seluas 120 m2 di atas tanah milik Negara cq. BMG seluas 10.000 m2 pengadaan Proyek tahun 1982/1983.
  3. Periode 1988-1991, awal bulan Pebruari 1988 Bapak Yustinus Sutiyanto dipromosikan sebagai Kabawil V Jayapura dan Jabatan Kepala Stasiun Geofisika Manado diserahterimakan kepada Bapak F.X Marwoko. Sejak tanggal 16 Maret 1988 beliau menjabat dengan periode 1988 – 1991.
  4. Periode 1991 -1996, Tahun 1991 Bapak F.X Marwoko dipromosikan menjadi Kepala Bawil IV Sulawesi-Maluku dan Jabatan Kepala Stasiun Geofisika Manado diserah terimakan kepada Bapak I Made Rai. Periode tahu 1991–1996, terhitung mulai tanggal 11 Maret 1991 Kepala Stasiun Geofisika Kelas I Manado dijabat oleh Bapak. I Made Rai.Tahun 1992 melalui Daftar Isian Proyek (DIP) Tahun Anggaran (TA) 1991/1992 dibangun taman alat (klimatologi) termasuk pemagaran di Stasiun Geofisika Manado di Tondano. Sejak Januari tahun 1993 dimulai pengamatan unsur-unsur Klimatologi di Tondano dengan peralatan yang dipinjamkan dari Stasiun Klimatologi Kayuwatu Manado, dengan bimbingan Pegawai dari Stasiun Klimatologi Kayuwatu Manado. Melalui DIP TA. 1993/1994 Stasiun Geofisika Manado mendapat tambahan alat Seismograph Portable (lengkap). Tahun anggaran 1994/1995 melalui DIP mendapat seperangkat peralatan meteo sinoptik (lengkap).
  5. Periode 1996–2000, awal tahun 1996 Kepala Stasiun Geofisika Manado diserahterimakan dari Bapak I Made Rai kepada Bapak Drs. Hendar Gunawan, M.Sc periode 1996–2000.
  6. Periode 2000-2003, terhitung mulai tanggal 21 Agustus 2000 Kepala Stasiun Geofisika Kelas I Manado dijabat oleh Bapak Drs.Suhardjono, Dipl Seis. Tanggal 16 Desember 2000 melalui Berita Acara serah terima No :BASTS.04/PL-201/PMGSS-2000. Pada tahun 2001 dibuat MOU dengan Universitas Negeri Manado (UNIMA) Fakultas MIPA jurusan Fisika dalam kerjasama pendidikan bagi pegawai BMG di Sulut. Sebanyak 13 pegawai diberi ijin mengikuti kuliah S1 di UNIMA.
  7. Periode 2003-2007, sejak pertengahan tahun 2003 Kepala Stasiun Geofisika Manado dijabat oleh Bapak Drs.Subardjo,Dipl.Seis. Tahun 2006 diadakan kerja sama antara BMG dengan UNIMA Manado No : 546/1992/Sekr dibidang perkuliahan, penelitian, pengkajian, pengembangan. Tahun 2006 diadakan kerja sama BMG dengan Pemda Propinsi Sulut MOU nomor: SK.131/HK.303/KB/BMG-06 dalam bidang penelitian, penyediaan data dan informasi BMG, pembangunan dan pengoperasian sarana dan prasarana. Tahun 2007 Kerja sama dengan BMG dengan harian Manado Pos Nomor : HK.303/B.058/BW-2007 dan nomor : 01–MP–VI/2007, tentang pemberian dan pemberitahuan informasi cuaca, gempa bumi, tsunami. Pada tahun yang sama pada tanggal 23 Maret mendapat piagam penghargaan dalam rangka Hari Meteorologi Dunia (HMD) tahun 2007 dari Kepala Badan Meteorologi dan Geofisika sebagai stasiun yang berprestasi melaksanakan tugas selama tahun 2006. Awal Desember tahun 2007 Bapak Drs. Subadjo, Dipl. Seis mutasi ke BMG Pusat.
  8. Periode 2008-2014, sejak bulan Januari 2008 Kepala Stasiun Geofisika Manado dijabat oleh Bapak Slamet Suyitno Raharjo, S.Si, M.Si. Pada tahun 2008, Stasiun Geofisika Manado melaksanakan pembangunan taman alat di Melanguane. Selanjutnya, Stasiun Geofisika Manado melaksanakan pembangunan gedung pelayanan Pos BMKG Melongguane 200 m2 pada tahun berikutnya. Tahun 2009 merupakan tahun pertama kali diselenggarakannya sosialisasi/penyuluhan mitigasi gempabumi dan tsunami. Pada tanggal 27 Mei 2010, Stasiun Geofisika Manado mendapat tanda penghargaan pelaksanaan pembangunan dan pelaksanaan anggaran di lingkungan BMKG dari Kepala BMKG. Pada tahun 2011, BMKG Sulut mengadakan kerjasama pendidikan dengan Universitas Sam Ratulangi Manado (Unsrat) dengan mengijinkan 12 pegawai untuk melanjutkan belajar di program S1 jurusan Fisika dan 3 orang pegawai di program pascasarjana jurusan Ilmu Perairan. Pada tahun 2013, 4 orang pegawai BMKG Sulut telah menyelesaikan ijin belajar di Unsrat, dengan rincian 2 orang dari program pascasarjana Ilmu Perairan dan 2 orang dari program S1 Fisika. Di tahun yang sama, ada 1 orang pegawai yang mengikuti tugas belajar S-2 pada Faculty of Geo-Information Science and Earth Observation (ITC), University of Twente di Belanda dengan beasiswa dari pemerintah Kerajaan Belanda lewat Stuned Scholarship, menyelesaikan studi dalam 2 tahun (2011-2013). Di periode ini, pegawai BMKG Sulut yang mengikuti ijin belajar juga telah menyelesaikan belajarnya di program pascasarjana Ilmu Perairan Unsrat 2 orang, dan 7 orang program S1 Fisika dari Universitas Sam Ratulangi, Intitut Teknologi Bandung, dan Universitas Negeri Manado. Pada tahun 2015, Stasiun Geofisika Manado membangun Pos Pengamatan Hilal di Meras, Manado untuk pelaksanaan pengamatan Hilal tiap bulan Hijriyah. Pada awal Desember tahun 2014 Bapak Slamet Suyitno Raharjo, S.Si, M.Si dimutasi menjadi Kepala Balai Besar MKG wilayah V Jayapura.
  9. Periode 2014-2016, posisi Kepala Stasiun Geofisika Manado dijabat oleh Bapak Robert Owen Wahyu, S.Si, setelah sebelumnya melepas jabatan sebagai Kepala Stasiun Geofisika Angkasa Jayapura, terhitung mulai tanggal 10 Desember 2014. Pada tahun 2015, BMKG Sulut mengadakan kerjasama pendidikan kembali dengan Universitas Sam Ratulangi Manado (Unsrat). Dengan perjanjian kerjasama ini, 3 orang pegawai BMKG Sulut memperoleh beasiswa pendidikan pascasarjana Ilmu Perairan dari Pusat Pendidikan dan Pelatihan (Pusdiklat) BMKG, serta 1 orang juga melanjutkan pendidikan pascasarjana Ilmu Perairan dengan mekanisme ijin belajar. Pada akhir November 2016 Bapak Robert Owen Wahyu, S.Si dimutasi menjadi Kepala Pusat Mitigasi Gempabumi dan Tsunami BMKG Pusat di Jakarta.
  10. Periode 2016-2018, terhitung mulai tanggal 1 Desember 2016 – 31 November 2018, Kepala Stasiun Geofisika Manado dijabat oleh Bapak Irwan Slamet, S.T., M.Si. dari Stasiun Geofisika Angkasa Jayapura. Bapak Irwan Slamet, S.T., M.Si., kemudian dimutasi menjadi kepala Stasiun Geofisika Padang Panjang.
  11. Periode 2018 sampai Januari 2021, Bapak Abraham F. Mustamu, S.Si., M.M. memimpin Stasiun Geofisika Manado dari sebelumnya menjabat sebagai Kepala Stasiun Geofisika Ambon. Di periode ini, pada bulan November 2018, terdapat dua orang pegawai tugas belajar yang berhasil menyelesaikan studi S2 Ilmu Perairan dari Universitas Sam Ratulangi. Pada tahun 2019, sebanyak 2 orang pegawai melanjutkan studi S2 Ilmu Perairan di Unsrat dan 1 orang melanjutkan studi S2 Sains Kebumian ITB.
  12. Periode Januari 2021 sampai sekarang, Bapak Tony Agus Wijaya, S.Si. memimpin Stasiun Geofisika Manado dari sebelumnya menjabat sebagai Kepala Stasiun Geofisika Bandung.